El primer tratado escrito en el que se hacen referencias a las señas alfabéticas aplicadas a la educación de los sordos se debe a Juan Pablo Bonet, quien publica su obra Reduction de las letras y Arte para enseñar á ablar los Mudos en 1620. Considerado como el primer tratado moderno de Fonética y Logopedia, en el que se proponía un método de enseñanza oral de los sordos, admite el uso de señas manuales en forma de alfabeto manual, para facilitar la enseñanza de las letras a los sordos y mudos.

No existe consenso lingüístico sobre la relación filológica entre dichas variantes de lenguas de señas, debido a la falta de más estudios en el campo dialectológico, si bien existe una discutida opinión acerca de que el primer diccionario de la LSE es el Diccionario Mímico y Dactilológico publicado en 1851 por Francisco Fernández de Villabrille, profesor del Colegio Nacional de Sordomudos de Madrid, que, no obstante, es en su mayor parte una traducción al castellano del Dictionnaire mimique et dactilologique de Alejandro Blanchet, profesor del Instituto Nacional de Sordomudos de París (Saint Jacques), publicado en 1850, lo que da pie a pensar que el principal cuerpo de origen dialectológico y léxico de la LSE procede de la lengua de señas francesa (LSF), al menos en su variedad dialectal de París y de mediados del siglo XIX, que luego sigue su propia y natural evolución en los colegios y asociaciones de sordos. En tiempos más actuales, está recibiendo fuertes influencias léxicas de la lengua de señas americana (ASL). También se sabe que ha influido en otras lenguas gestuales, como la lengua de señas venezolana (LSV).

Esta lengua gestual se emplea fundamentalmente en las relaciones privadas (familiares y sociales) de los sordos señantes y su entorno más próximo, aunque poco a poco se va utilizando también en ámbitos educativos, eventos públicos o en las Cortes y existen variados centros (públicos -Universidades- y privados -asociaciones de sordos y academias privadas-) que imparten esta lengua, especialmente para padres de hijos sordos y para profesionales que trabajan con éstos (logopedas, maestros, intérpretes, mediadores, trabajadores sociales, etc.).